El instrumento actual ha sido realizado por el maestro organero Gerhard Grenzing, con caja de madera tallada por José Ignacio Boix, que imita al órgano barroco, según el proyecto de restauración realizado en su momento por el arquitecto Antonio Serrano Peral. Consta de tres mil veintitrés tubos, cuarenta y seis juegos en diferentes registros, tres teclados y pedalero. El proyecto de construcción fue liderado por el Patronato del Misteri d’Elx y contó con la ayuda de la Generalitat Valenciana y de Cajamurcia. Tras el desmontaje del órgano anterior y el montaje del actual, que duró varios meses, se inauguró el mismo con un concierto a cargo del Rvdo. José Enrique Ayarra, canónigo organista de la Catedral de Sevilla, efectuado el 18 de mayo de 2006.
También podemos apreciar la cúpula de la iglesia, especialmente sus pechinas decoradas en alto relieve, obra, como hemos señalado, del escultor José Artigues (1727). Entre rocallas y querubines, se muestran las figuras de los cuatro evangelistas sostenidos sobre cúmulos de nubes, que portan en sus manos el libro del evangelio y una pluma. Sobre la cabeza de cada figura, dos ángeles niños sostienen una corona de la que, en su parte inferior, asoma un querubín. El extremo inferior de la pechina se ornamenta con otro querubín con las alas extendidas y la correspondiente figura del Tetramorfos: el hombre, como símbolo de San Mateo, el león, de San Marcos, el águila, de San Juan y el toro, de San Lucas.
Los ocho ventanales de la cúpula están decorados con vidrieras de la citada casa Mauméjean Hermanos, construidas en 1958. Muestran diversas escenas del Misterio de Elche: María y su cortejo al pie del andador, llegada de la Mangrana al cadafal, María pide al ángel poder despedirse de los apóstoles, los apóstoles saludan a María e inician el canto de la Salve Regina, la «Judiada», con el milagro de las manos engarfiadas, conversión y bautismo de los judíos, entierro de la Virgen y Asunción de la Virgen coronada en el Araceli.
En la cornisa superior del templo puede contemplarse, sobre la capilla de San Agatángelo, un fragmento ennegrecido como testigo de los efectos del incendio de 1936 y de los trabajos de restauración de la posguerra.