El lugar de la iglesia reservado a los presbíteros, está separado del resto del templo mediante unas gradas y cuatro grandes rejas de hierro forjado, rematadas con puntas de lanza y monogramas marianos (1790). En su entrada delantera, en el suelo, vemos una trapa de madera. Oculta un foso cuadrado de un metro y medio de profundidad conocido tradicionalmente como la sepultura de la Virgen, ya que es usado como tal durante la representación del Misterio de Elche.
El presbiterio está flanqueado por dos púlpitos de mármol rojo con sus correspondientes tornavoces de madera tallada y dorada situados sobre ellos. Está presidido por el altar mayor, de forma cuadrada, levantado sobre una grada de tres escalones ante el arco central de esta capilla mayor. Su base, restaurada en 1965 por el escultor alicantino José Gutiérrez Carbonell (1924-2002), está adornada con figuras en mármol de la Asunción de María y de los apóstoles, aunque en su origen fueron placas de porcelana embutidas en la piedra. Según privilegio pontificio, podía celebrarse la santa misa en los tres frentes principales de este altar.
Sobre el mismo se levanta el tabernáculo o expositor, construido en Génova en 1742. Se eleva sobre un basamento adornado con relieves de alabastro con escenas evangélicas y eucarísticas. En el centro de este basamento se incrusta el sagrario, recuperado para la festividad del Corpus Christi del año 2000 por los Talleres Arte Granda, de Madrid. Su puerta se adorna con un esmalte de la Asunción de la Virgen María, copia de la figura que encabeza la consueta del Misterio de Elche de 1709. Sobre los ángulos de la citada base se elevan cuatro conjuntos de dos columnas, cada uno con capiteles de bronce dorado que sostienen una cúpula levantada entre cuatro frontones circulares. Esta cúpula, horadada para permitir el paso de la luz, se remata mediante una linterna que sirve de peana a una pequeña figura de la Fe, repuesta en 1988. En el centro del tabernáculo se halla el expositor o sagrario interior, en forma de templete circular. Todo el conjunto está adornado con placas de porcelana con dibujos vegetales, pero sufrió grandes desperfectos en 1936 de manera que perdió las figuras de los evangelistas, de ángeles y del Espíritu Santo que lo ornamentaban.
El actual altar exento fue inaugurado en la festividad del Corpus Christi de 1988 y está realizado con un frontal de madera tallada y dorada que en 1756 el escultor Ignacio Castell construyó para el Monumento del Jueves Santo. El juego de candeleros de plata que lo iluminan fue construido en 1947 mediante un legado testamentario de la condesa de Luna.
Sobre las gradas del presbiterio pueden apreciarse los símbolos otorgados a Santa María junto con el título de Basílica Menor en 1951. Se trata de la umbela o sombrilla procesional semicerrada de seda roja y amarilla -los colores papales- y el tintinábulo o campanilla portátil. Ambos elementos, que expresan la unión especial del templo con el Sumo Pontífice, son portados en todas las procesiones organizadas por la Basílica.