Situada justamente detrás del altar mayor de la Basílica, la capilla de la Comunión es la parte más moderna del templo, levantada en el último tercio del siglo XVIII. Tiene planta de cruz griega y se halla decorada con piedras y tallas blancas y guirnaldas y adornos eucarísticos dorados. Junto a la claridad producida por su elegante cúpula, rematada con cupulín, confieren al recinto una luminosidad y profundo sentido de recogimiento. En esta capilla, ideada para la reserva del Santísimo Sacramento, se hallan también los confesionarios dedicados a la celebración del sacramento de la reconciliación.
El altar de esta capilla está ornamentado con un retablo de mármol rojo con dos grandes columnas con capiteles de bronce, que sostienen un tímpano triangular. Sobre éste se asientan las representaciones de las tres virtudes teologales, tallas de madera que imitan mármol blanco: la Fe, una figura femenina con los ojos vendados y que porta una cruz; la Esperanza, otra figura femenina que muestra el áncora de la salvación; y la Caridad, representada por una madre que cuida de sus hijos. En el centro del retablo se abre una hornacina que cobija la figura policromada del Sagrado Corazón de Jesús.
Sobre el propio altar se levanta el sagrario, también de mármol rojo, en forma de templete circular, cuya puerta, realizada por los talleres madrileños de Archidona en 1952, está decorada en bronce dorado, marfi l y esmaltes que representan el Cordero de Dios recostado sobre el libro con los siete sellos del Apocalipsis y otros ornamentos eucarísticos. A ambos lados del altar se veneran las imágenes, que también imitan mármol blanco, de Santo Tomás de Aquino y de Santa Teresa de Jesús, doctores de la Iglesia.